Wie bei bemannten Raumfahrzeugen üblich, wird die Einsatzqualifikation eines Fluges bei einem Test-Countdown überprüft. Erst danach wird das Startdatum, hier sollte es der 21. Februar 1967 sein, endgültig festgelegt. Dieser Countdown erfolgte mit der Flugbesatzung an Bord und gehörte nach 6 Mercury- und 10 Gemini-Flügen bereits zur Routine. Doch hier geschah das erste große Unglück der bemannten Raumfahrt.

Aus nie restlos geklärten Gründen (wahrscheinlich ein Kurzschluss), brach an Bord der Kapsel Feuer aus, was in der reinen Sauerstoffatmosphäre des Raumfahrzeuges verheerende Folgen hatte. Da die Kapsel nicht von innen geöffnet werden konnte, bestand für die Astronauten Grissom, White und Ghaffee nicht die leiseste Chance der Rettung. Sie erstickten und verbrannten!
26 Männer kämpften um die Rettung der Astronauten und versuchten vergeblich, die Kapsel von außen zu öffnen. Die Innentemperaturen der Kapsel erreichten 600 C°.
Erst vier Stunden später gelang es, die Kapsel zu öffnen und nach sieben Stunden wurden die verkohlten Leichen geborgen.

Bevor sich überhaupt einmal ein Apollo-Raumschiff zu einem bemannten Flug erhoben hatte, hatte das Mondlandungsvorhaben bereits drei Astronauten das Leben gekostet.

Es folgte ein Umkonstruieren der Raumkapsel, unzählige Tests der neuen Einrichtungen und eine damit verbundene Pause im bemannten Programm von 21 Monaten. Diese Zeit wurde aber zu weiteren unbemannten Testflügen der Apollo-Komponenten genutzt.